El Colegio posee licencia del Consejo General de Educación del Estado Libre Asociado de Puerto Rico y está acreditado por The Middle States Association of Colleges and Schools. Es el único Colegio en Puerto Rico en obtener la re-acreditación bajo el protocolo de ”Sustaining Excellence”. Afiliado a The National Catholic Education Association (NCEA), The Jesuit Schools Network (JSN), la Federación Latinoamericana de Colegios de la Compañía de Jesús (FLACSI), Educate Magis y la Asociación de Educación Privada de PR. Funcionamos como un colegio independiente y colaboramos en la misión evangelizadora y educativa con la Superintendencia de Escuelas Católicas de la Arquidiócesis de San Juan. En 1985, el Colegio recibió el premio de Escuela Ejemplar, honor conferido por The Council for American Private Education (CAPE).

Además, el Colegio San Ignacio de Loyola está afiliado a: